Считается, что бывают в Москве,если пересаживаются с поезда на поезд?

Технически - да, по крайней мере, на одном из вокзалов. На деле же... Москва вокзалами не ограничивается и даже те, кто в ней родился и живут десятилетиями, много где не были. Дело не только в Кремле и Мавзолее - есть и другие интересные места. Театры, цирки, кино, зоопарк, храмы. Верхушка Останкинской телебашни, ВДНХ/ВВЦ, Ботанический сад, несколько восстановленных старинных поместий, парки и площади. Музеи, рестораны и рынки (крупные магазины - ЦУМ, ГУМ, "Детский Мир"...), уникальные по дизайну станции метро. Ярмарки и фестивали, уличные шоу и камерные концерты. Прогулки на теплоходе и вечерние фейерверки. Иногда стоит просто пройтись по улицам города, что бы ощутить частичку той неповторимой атмосферы, присутствующей в каждом городе и делающей его уникальным.

Формально да , вы шагнули на землю столицы нашей необъятной страны,но в моем понимание словосочетание "был в Москве" как минимум ассоциируется с походом на Красную площадь.Был на Красной площади и сфоткался на фоне собора Василия Блаженного - был в Москве.В мавзолей тоже бы сходить, если он заработал,на вождя мирового пролетариата глянуть..

Думаю, что при пересадки с поезда на поезд, правильнее сказать, что был проездом в Москве, а не "был в Москве".